Sejarah Wings Air tidak terlepas dari sejarah Lion Air Group sebagai perusahaan induknya. Pemilik Lion Air Goup, Rusdi Kirana, memulai bisnisnya sebagai penjual tiket pesawat dan melakukan layanan antar jemput serta check-in penumpang. Pengalaman ini membuat Rusdi Kirana mengerti kebutuhan pasar akan maskapai yang bisa membawa penumpang ke pelosok nusantara dengan harga yang terjangkau. Karena itu, Wings Air muncul sebagai maskapai berkualitas dengan harga yang terjangkau, untuk melayani penerbangan di wilayah Indonesia. Pada 2003, Wings Air awalnya didirikan sebagai maskapai bertarif rendah dalam Lion Air Group. Wings Air memiliki nama udara “Wings Abadi Air”, yang merupakan nama Wings Air ketika pertama kali didirikan. Namun, karena nama tersebut dianggap terlalu panjang, nama tersebut dipersingkat menjadi “Wings Air”. Sejak awal didirikan, Wings Air berada di bawah pimpinan Rusdi Kirana sebagai CEO dan Edward Sirait sebagai Presiden Direktur. Meskipun Lion Air Group telah mempromosikan maskapai utamanya seperti Batik Air dan Lion Air, Wings Air tidak membuat banyak iklan dan promosi karena penjualan tiket biasanya disatukan dengan promosi Lion Air. Namun dalam perkembangannya, Lion Air mulai memposisikan dirinya sebagai maskapai bertarif rendah sesuai dengan kebutuhan pasar. Karena itu, Wings Air pun diubah menjadi maskapai pengumpan dan perintis bagi maskapai utama dalam Lion Air Group, yaitu Lion Air, Batik Air, dan Malindo Air. Pada masa awal penerbangannya, Wings Air menggunakan armada pesawat tipe MD-80 dan MD-82, yang dulunya digunakan Lion Air. Namun, pesawat tipe MD-80 dan MD-82 ini dianggap sudah cukup kuno. Karena itu, Wings Air mulai memperbarui armadanya dengan membeli pesawat berteknologi Prancis, yaitu pesawat tipe ATR. Pesawat tipe ini dipilih sebagai jenis pesawat utama Wings Air karena mesin baling-baling gandanya yang merupakan teknologi buatan Prancis, yang sesuai untuk penerbangan perintis. Pada 15 November 2009, Wings Air menandatangani persetujuan untuk memesan 15 pesawat tipe ATR 72-500 dengan 15 pesawat cadangan tipe ATR 72-600, yang merupakan model terbaru dari ATR. Dalam persetujuan ini, tiga pesawat ATR 72-500 akan mulai diantarkan pada Januari 2010. Pada 25 Februari 2011, Lion Air memesan 15 pesawat ATR 72 tipe terbaru untuk armada Wings Air, menggantikan 15 pesawat ATR 72-600 yang dipesan pada 2009. Pada 27 November 2014, Lion Air juga menandatangani persetujuan pemesanan 40 pesawat tipe ATR 72-600 untuk armada Wings Air, menjadikan Lion Air Group sebagai maskapai pengguna pesawat ATR terbanyak. Pesawat ATR 72-500 dan ATR 72-600 dipilih karena memiliki efisiensi yang tinggi serta biaya operasional yang rendah. Dengan performa yang baik pada landasan jarak pendek, pesaawat tipe ini dirasa tepat untuk melayani penerbangan ke daerah-daerah terpencil di Indonesia dengan medan yang sulit. Selain itu, mesin ATR 72-500 dan ATR 72-600 juga memiliki ketahanan yang baik pada cuaca panas dan dingin serta ketinggian yang beragam. Penambahan jumlah armada ini tentunya disertai dengan bertambahnya rute dan frekuensi penerbangan Wings Air. Beberapa rute jarak pendek yang awalnya dilayani Lion Air mulai dioperasikan oleh Wings Air. Sebagai hasilnya, Wings Air pun terus mengembangkan rute penerbangannya di Indonesia dan menghubungkan lebih banyak lagi kota-kota terpencil di berbagai wilayah. Kota-kota atau wilayah terpencil yang sebelumnya tidak bisa dijangkau oleh pesawat besar kini bisa dikunjungi dengan mudah, baik untuk keperluan bisnis maupun wisata. Terdapat beberapa kekhawatiran yang muncul karena Wings Air beberapa kali mengalami kecelakaan kecil dalam penerbangannya. Untuk menanggapi kekhawatiran ini, Wings Air mengajukan dirinya untuk menjalani audit keamanan dari IATA dan akhirnya memperoleh nilai keamanan yang memadai. Setiap pesawat dalam armada Wings Air telah mendapatkan sertifikasi IATA Standard Safety Assessment (ISSA), yang membantu menarik kembali simpati publik untuk terbang bersama Wings Air sebagai maskapai pilihan. Saat ini, Wings Air memiliki setidaknya lima bandara penghubung yang tersebar di titik-titik strategis di Indonesia, seperti Bandar Udara Internasional Sam Ratulangi di Manado, Bandar Udara Internasional Soekarno-Hatta di Jakarta, Bandar Udara Internasional Hang Nadim di Batam, Bandar Udara Internasional Kuala Namu di Medan, dan Bandar Udara Internasional I Gusti Ngurah Rai di Bali. Kelima bandara tersebut tersebut dipilih karena letaknya yang strategis, demi memastikan penerbangan Wings Air dapat menjangkau seluruh wilayah di Indonesia melalui rute-rute penerbangan utama. Rute penerbangan utama tersebut mencakup menuju Bali, Medan, Jakarta, Singapura, Thailand, dan Australia. Pada awal 2017, Wings Air menambahkan beberapa rute baru antara Pulau Sulawesi dan Kalimantan. Rute ini menjangkau kota-kota seperti Banjarmasin, Makassar, Batulicin, dan Kendari. Dengan memperkuat akses antar pulau, Wings Air telah membantu mobilitas masyarakat untuk bepergian dari kota kecil ke kota besar atau sebaliknya. Hal ini tentunya membawa keuntungan tersendiri bagi daerah yang sebelumnya tidak terjangkau oleh transportasi udara. Dengan menghubungkan beragam daerah dengan transportasi yang lebih aman dengan harga yang terjangkau, Wings Air telah membawa keuntungan baik bagi pelaku bisnis maupun turis yang ingin menjelajah Indonesia.